公司設股東會、董事會、監事會和經營班子。股東會由全體股東（宣城市宣州區人民政府、宣城市宣州區國有資產運營有限公司、安徽省信用擔保集團有限公司、宣城市中小企業融資擔保有限責任公司）組成，是公司的最高權力機構。董事會作為公司的日常決策機構向股東會負責，董事會由5人組成，其中的4名非職工代表董事由宣州區國資委推薦3名人選，安徽省信用擔保集團有限公司推薦1名人選，經股東會選舉產生；1名職工代表董事由公司職工大會民主選舉產生。監事會由3人組成，由股東會選舉一人，另二人由公司職工大會選舉產生。公司設總經理一名，副總經理三名，財務總監一名。
公司實行董事會領導下的總經理負責制，內設7個部門，分別為綜合管理部、擔保業務部、財務部、辦公室、法律事務部、黨群工作部和審計部。